XYZ (coordonnées moléculaires) : fichier .xyz

Le XYZ liste, dans un texte volontairement minimaliste, le nombre total d’atomes d’une molécule sur la première ligne, une ligne de commentaire libre sur la seconde, puis une ligne par atome indiquant son symbole chimique et ses trois coordonnées spatiales (x, y, z), rien de plus.

Le format ne précise aucune liaison chimique entre les atomes : un logiciel de visualisation doit déduire lui-même quelles paires d’atomes sont liées, généralement en comparant les distances interatomiques à des seuils connus selon le type d’élément, une approche qui fonctionne bien pour des molécules organiques courantes, mais qui peut produire des ambiguïtés sur des structures inhabituelles où la distance seule ne suffit pas à distinguer une liaison réelle d’une simple proximité spatiale.

Contrairement au CIF normalisé par l’IUCr, le XYZ n’a jamais fait l’objet d’une spécification formelle publiée par un organisme de standardisation : sa structure résulte d’un usage convergent entre logiciels de chimie computationnelle plutôt que d’une norme officielle, ce qui explique de légères variations informelles observées entre certaines implémentations (présence ou non d’unités dans le commentaire, par exemple).

Sa simplicité extrême en fait un format d’échange privilégié en sortie de calculs de chimie quantique ou de dynamique moléculaire, où seule la géométrie finale d’une molécule à un instant donné intéresse l’utilisateur, sans qu’il soit nécessaire de transporter les métadonnées expérimentales plus riches qu’exige un format comme le CIF pour l’archivage d’une structure cristalline complète.