CML (Chemical Markup Language) : fichier .cml

Le CML (Chemical Markup Language) représente des données chimiques (structure moléculaire, réactions, résultats de chimie computationnelle) dans un vocabulaire XML développé à partir du milieu des années 1990 par Peter Murray-Rust et Henry Rzepa, pensé pour l’échange entre logiciels de chimie plutôt que comme format de calcul natif d’un outil en particulier.

Bâti nativement sur XML plutôt que sur une syntaxe texte dédiée, comme celle des formats de représentation moléculaire plus anciens (le MOL de MDL, dont la spécification CTfile est publique, par exemple), CML permet d’ajouter des espaces de noms complémentaires (réactions chimiques, spectres, résultats de calculs de chimie quantique) sans casser la compatibilité avec un lecteur qui ne connaît que le cœur du vocabulaire, une extensibilité directement héritée des qualités génériques du XML.

Contrairement au CIF de cristallographie, porté par l’organisme international IUCr, CML reste développé par une communauté académique ouverte réunie autour de ses créateurs, sans organisme de normalisation officiel central, un statut qui a favorisé une adoption plus inégale selon les sous-domaines de la chimie, certains logiciels et bases de données l’ayant pleinement intégré quand d’autres continuent de privilégier des formats plus anciens et mieux établis dans leur niche.

Le format distingue explicitement la structure moléculaire elle-même (atomes, liaisons, géométrie 3D) des métadonnées expérimentales ou computationnelles qui l’accompagnent, une séparation qui facilite la réutilisation d’une même structure moléculaire dans des contextes d’analyse différents sans dupliquer la description chimique de base.