CIF (Crystallographic Information File) : fichier .cif

stable

Format texte normalisé pour archiver et échanger des données de structure cristalline entre laboratoires, revues scientifiques et bases de données.

Le CIF (Crystallographic Information File) archive et échange des données de structure cristalline (positions atomiques, paramètres de maille, conditions expérimentales de mesure) selon une norme promue par l’Union internationale de cristallographie (IUCr) depuis son adoption en 1990.

Le format est volontairement resté en texte libre, une implémentation restreinte du format générique STAR (Self-defining Text Archival and Retrieval) conçue pour être à la fois lisible directement par un chercheur dans un simple éditeur de texte et analysable automatiquement par un logiciel, sans dépendre d’un outil propriétaire pour vérifier ou corriger les données avant publication.

Des dictionnaires de données publics, maintenus sous l’autorité du comité COMCIFS de l’IUCr, définissent précisément le nom, le type et la signification physique de chaque étiquette de donnée autorisée dans un fichier CIF, un mécanisme qui garantit qu’un champ donné (les paramètres de maille cristalline, par exemple) désigne rigoureusement la même grandeur d’un laboratoire à l’autre, condition nécessaire à l’interopérabilité internationale du format.

La version 2.0 de la spécification, publiée en 2016, a élargi le répertoire de caractères pris en charge et introduit des types de données composés plus flexibles, tout en conservant la structure générale du format d’origine. De nombreuses revues scientifiques de cristallographie exigent aujourd’hui la soumission des données brutes sous forme de fichier CIF en complément de l’article publié, pour permettre une vérification indépendante des structures rapportées.

Signature binaire

Ce format n'a pas de signature binaire fiable : il ne peut pas être identifié de façon certaine par ses seuls premiers octets.

Vérifier qu'un fichier porte bien cette signature →

Questions fréquentes

Comment ouvrir un fichier .cif ?

Aucun logiciel n'est encore référencé sur cette fiche pour ouvrir un fichier .cif. Voir la liste « Avec quoi l'ouvrir » ci-contre.

Quel est le type MIME du format CIF (Crystallographic Information File) ?

Le type MIME du format CIF (Crystallographic Information File) est chemical/x-cif.

Le format CIF (Crystallographic Information File) (.cif) est-il encore utilisé aujourd'hui ?

Oui, le format CIF (Crystallographic Information File) est stable et toujours largement utilisé, sans signe de déclin.

Peut-on ouvrir un fichier .cif sur mobile, sans installer d'application ?

Aucun outil web n'est référencé sur cette fiche pour ce format : l'ouverture nécessite un logiciel de bureau (voir la liste « Avec quoi l'ouvrir » ci-contre).

Pourquoi un fichier CIF reste-t-il lisible et modifiable dans un simple éditeur de texte ?

Le format a été conçu dès l'origine comme une implémentation restreinte du format STAR (Self-defining Text Archival and Retrieval), volontairement en texte libre plutôt qu'en binaire, pour rester à la fois lisible par un humain et analysable par une machine sans outil propriétaire, un choix qui facilite la vérification manuelle des données avant publication scientifique.

Que sont les "dictionnaires de données" mentionnés dans la norme CIF ?

Ce sont des collections publiques, maintenues sous l'autorité du comité COMCIFS de l'IUCr, qui définissent précisément le nom, le type et la signification de chaque étiquette de donnée autorisée dans un fichier CIF (par exemple les paramètres de maille cristalline), un mécanisme qui garantit qu'un même nom de champ désigne rigoureusement la même grandeur physique d'un fichier à l'autre, quel que soit le laboratoire d'origine.

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Sources

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